استخدام الهيدروجين كمصدر للطاقة له عيوب معينة. أولاً ، من الصعب تخزين الهيدروجين ونقله. يكلف أكثر من أنواع الوقود الأخرى لأنه يحتاج إلى النقل في مركبة فريدة وحفظها في حاوية فريدة. وخلايا وقود الهيدروجين غالية الثمن. نظرًا لأن التكنولوجيا المطلوبة لتوليد الكهرباء من الهيدروجين لا تزال في مهدها ، فهي لا تزال باهظة الثمن نسبيًا. لا يزال الهيدروجين مصدر الطاقة غير فعال نسبيًا. على الرغم من أنها أكثر كفاءة من المصادر الأخرى من حيث إنتاج الطاقة لكل وحدة وقود ، إلا أنها لا تزال غير فعالة مثل المصادر الأخرى مثل الطاقة الشمسية أو طاقة الرياح. وبسبب هذا ، فهو غير مرغوب فيه كمصدر للطاقة لتطبيقات واسعة النطاق. إمكانات الهيدروجين كمصدر رئيسي للطاقة. لا يزال الهيدروجين يمتلك قدرًا هائلاً من الإمكانات ليصبح مصدرًا مهمًا للطاقة ، على الرغم من عيوبه. أدى التقدم التكنولوجي إلى خفض التكاليف وزيادة كفاءة خلايا وقود الهيدروجين.